磺溪書院格局不大,是中軸對稱兩進雙護龍平面的佈局的傳統閩南式合院建築配置。磺溪書院是四合院式,有門廳及講堂兩進,講堂前有拜亭,兩側護龍左右廂房各七間,為介於民宅與孔廟之間的平面結構。
  第一落門廳之兩冀山牆向外斜出,使得正門較為寬闊壯觀。講堂兩側山牆正中闢有精巧美觀的花瓶門,在門廳兩翼,左右各有一扇劍環門通往側室,為一般閩南建築所少見。 門廳、講堂均為五開間式格局。
 

 

門廳高出地面三階,講堂高出地面五階,講堂之前有拜亭,而拜亭築於臺上,臺高六十分分,是由孔廟建築中「月臺」的形式轉換過來,只是規模略小、正殿前的拜亭空間,是磺溪書院建築特色之一。 磺溪書院造型上最為特殊的,是其跨張、華麗的屋頂型態,屋頂建築自中殿向兩翼側室逐漸降低,形成三個段落,每一段落龍脊燕尾,線條優雅。
  第一落門廳(山門)共有七開間,中央三間凹入開三門;左右兩端亦開有八口台。第一落屋頂的屋簷線,自中間向兩翼逐次降低,屋頂分為五個段落,在中央的三個段落作法個別獨立,形成六個燕尾,加上左右兩端的歇山式屋頂。飛揚的三川燕尾脊與層層疊降的屋面,鋪陳廣達七開間的立面,其氣勢之磅礡、技術之高超、形狀之繁複、外觀之富麗……如此豐富而壯麗的屋頂組合,可說是台灣建築史中少見的佳作。
 
第二落為正殿與拜亭,正殿兼具有祭祀和講堂的功能,高聳的棟宇和簡樸的裝飾,塑造出正殿莊嚴肅穆的空間。拜亭的比例穩重,燕尾脊曲線極為優美,欄杆望柱和陛石,月臺的形制,丹墀的拜亭空間,歇山惑的屋面造型與雕鏧細緻的木構架,不但使拜亭成為全區建築視覺焦點,也襯托出正殿主體建築的莊風貌,是磺溪書院建築中最富裝飾意味的一處空間。

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